学会・論文等での発表リスト





番号学会・論文など (日付) [会場]タイトル (発表者)


46情報処理学会第37回バイオ情報学研究会 (2014年3月5日) 九州工業大学飯塚キャンパス(福岡)6：タンパク質立体構造モデリングにおける修飾アミノ酸の扱いについて (工藤麻由、佐藤亘、梅山秀明、○岩舘満雄)


45CREST「ビッグデータ統合利活用のための次世代基盤技術の創出・体系化」特定課題調査「ビッグデータ時代に向けた革新的アルゴリズム基盤」(2014年1月11〜12日) 京都リサーチパーク(京都)タンパク質立体構造予測における非天然アミノ酸の取り扱いについて(○岩舘満雄)


44Information and Media Technologies (9(1), 141-154 (2014))Bacterial Type III Secretion System Effector Proteins are Distinct between Plant Symbiotic, Plant Pathogenic and Animal Pathogenic Bacteria (Yuuichi Nakano, Mitsuo Iwadate, Hideaki Umeyama, Y-h Taguchi)


43MBC Syst. Biol. (8(Suppl 1), S4(2014))Genes associated with genotype-specific DNA methylation in squamous cell carcinoma as candidate drug targets (Ryoichi Kinoshita, Mitsuo Iwadate, Hideaki Umeyama, Y-h Taguchi)


42第63回日本アレルギー学会秋季学術大会 (2013年11月28〜30日) [ホテルニューオオタニ(東京)O5-5：抗ヒスタミン受容体への薬物のドッキング構造と薬効の相関について (○梅山秀明、小松克一郎、海野哲史、田口善弘、岩舘満雄)


41-1第41回構造活性相関シンポジウム (2013年11月7〜8日) [関西学院会館(兵庫)]KO03：非天然型アミノ酸に対応したホモロジーモデリング (○工藤麻由、佐藤亘、梅山秀明、岩舘満雄)


41-2同上KP16：リガンド結合部位周辺に注目しての側鎖を含んだタンパク質立体構造クラスタリング (○佐藤亘、梅山秀明、岩舘満雄)


41-3同上KP17：タンパク質予測構造の結合リガンド周辺の立体構造保存性について (○吉山晃太郎、梅山秀明、岩舘満雄)


40-1日本バイオインフォマティクス学会 2013年年会 第2回生命医薬情報学連合大会 (2013年10月29〜31日) [タワーホール船堀(東京)]224：Genes associated with genotype-specific DNA methylation in squamous cell carcinoma as drug target candidates (Ryoichi Kinoshita, Mitsuo Iwadate, Hideaki Umeyama, Y-H. Taguchi)


40-2同上55：Automatic homology modeling in inclusion of non-natural amino acids (Mayu Kudou, Wataru Satou, Hideaki Umeyama, Mitsuo Iwadate)


39Protein Pept. Lett. (2013 Jul 9 [Epub])Bioinformatic Screening of Autoimmune Disease Genes and Protein Structure Prediction with FAMS for Drug Discovery (Shigeharu Ishida, Hideaki Umeyama, Mitsuo Iwadate, Y-h Taguchi)


38GCB 2013 - German Conference on Bioinformatics 2013 (P47, 10-13 September 2013, Gettingen, Germany)Genes associated with genotype-specific DNA methylation in squamous cell carcinoma as drug candidates (Ryoichi Kinoshita, Mitsuo Iwadate, Hideaki Umeyama, Y-h. Taguchi)


375th CAPRI Evaluation Meeting (17-19 April 2013, Utrecht, The Netherlands)Predicting protein interaction in autoimmune diseases using homology searches and crystallographic packing (Mitsuo Iwadate, Y-H. Taguchi, Hideaki Umeyama)


36Bioinformatics 2013 - 4th International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms (Posters Session: 12, 11-14 February 2013, Barcelona, Spain)Structure Prediction with FAMS for Proteins Screened Critically to Autoimmune Diseases based upon Bioinformatics (Shigeharu Ishida, Hideaki Umeyama, Mitsuo Iwadate, Y-h. Taguchi)


34Proteins (81(11), 1980〜1987 (2013))Community-wide evaluation of methods for predicting the effect of mutations on protein-protein interactions (Moretti R, Fleishman SJ, Agius R, Torchala M, Bates PA, Kastritis PL, Rodrigues JP, Trellet M, Bonvin AM, Cui M, Rooman M, Gillis D, Dehouck Y, Moal I, Romero-Durana M, Perez-Cano L, Pallara C, Jimenez B, Fernandez-Recio J, Flores S, Pacella M, Praneeth Kilambi K, Gray JJ, Popov P, Grudinin S, Esquivel-Rodriguez J, Kihara D, Zhao N, Korkin D, Zhu X, Demerdash ON, Mitchell JC, Kanamori E, Tsuchiya Y, Nakamura H, Lee H, Park H, Seok C, Sarmiento J, Liang S, Teraguchi S, Standley DM, Shimoyama H, Terashi G, Takeda-Shitaka M, Iwadate M, Umeyama H, Beglov D, Hall DR, Kozakov D, Vajda S, Pierce BG, Hwang H, Vreven T, Weng Z, Huang Y, Li H, Yang X, Ji X, Liu S, Xiao Y, Zacharias M, Qin S, Zhou HX, Huang SY, Zou X, Velankar S, Janin J, Wodak SJ, Baker D)


34IPSJ SIG Technical Reports (2013-BIO-34 (10), 1-8)Discrimination of symbiotic/parasitic bacterial type III secretion system effector protein using principal component analysis (Yuuichi Nakano, Mitsuo Iwadate, Hideaki Umeyama, Y-h. Taguchi)


33IPSJ SIG Technical Reports (2012-BIO-29 (12), 1-6)Structure prediction with FAMS for proteins screened critically to autoimmune diseases based upon bioimformatics (Shigeharu Ishida, Hideaki Umeyama, Mitsuo Iwadate, Y-h. Taguchi)


32ECCB'12 11th European Conference on Computational Biology (H10, 9-12 September 2012, Basel, Switzerland)Bioinformatic screening of genes critical to autoimmune diseases and systematic optimization for drug discovery (Mitsuo Iwadate, Y-h. Taguchi, Hideaki Umeyama)


31The 23rd International Conference on Genome Informatics (GIW2012) (P27, 12-14 December 2012, Tainan, Taiwan)Structure prediction with FAMS for proteins creened critically to autoimmune diseases based upon bioimformatics (Shigeharu Ishida, Hideaki Umeyama, Mitsuo Iwadate, Y-h. Taguchi)


30-1The EMBO Conference: Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP10) (pp44-45, 9-12 December 2012, Gaeta, Italy)chuo-binding-sites: Prediction of Ligand Binding Sites for Protein Using Isolated FAMSD (Koutarou Yoshiyama, Misato Matsuoka, Kazuhiko Kanou, Katsuichiro Komatsu, Hideaki Umeyama, Mitsuo Iwadate)


30-2ibid. (pp46-47)chuo-fams: Tertiary structure prediction of chuo-fams team by the consensus method composed of GDT_TS and secondary structure arrangement under the check of the packing free energy using STAGE2 server models (Koutarou Yoshiyama, Wataru Sato, Misato Matsuoka, Takahiro Miyashita, Hideaki Umeyama, Mitsuo Iwadate)


30-3ibid. (pp48-49)chuo-fams-consensus: 3-Dimensional models created by the chuo-fams-consensus team using three consensus methods and the FAMS protein modeling program (Wataru Sato, Hideaki Umeyama, Mitsuo Iwadate)


30-4ibid. (pp50-51)chuo-fams-server: 3-Dimensional models created by the chuo-fams-server team using the FAMS program and some consensus methods (Wataru Sato, Hideaki Umeyama, Mitsuo Iwadate)


30-5ibid. (pp52-53)chuo-repack, chuo-repack-server: Study on 3-Dimensiional repacking between such secondary structures as alpha helix and beta sheet in the homology modeling process (Takahiro Miyashita, Wataru Sato, Koutarou Yoshiyama, Hideaki Umeyama, Mitsuo Iwadate)


29-1第40回構造活性相関シンポジウム (2012年11月29〜30日) [岡崎市図書館交流プラザ・りぶら(愛知)]KKP23：バイオインフォマティクス観点からのターゲットタンパク質に対するリガンド結合部位の探索方法の開発 (○吉山晃太郎、松岡美里、加納和彦、小松克一郎、梅山秀明、岩舘満雄)


29-2同上KP24：ホモロジーモデリング法の複数のコンセンサス法による構造選択の評価と二次構造相対配置最適化 (○佐藤亘、宮下貴弘、梅山秀明、岩舘満雄)


29-3同上KO11：情報学的スクリーニングによる自己免疫疾患遺伝子とそのFAMSを用いた複合体モデリングおよびインシリコスクリーニングホモロジーモデリング (○岩舘満雄、田口善弘、梅山秀明)


28-1生命医薬情報学連合大会 2012 (IIBMP2012) (2012年10月14〜17日) [タワーホール船堀(東京)]C07_143：Structure prediction for proteins screened critically to autoimmune diseases based upon bioimformatics with Isolated-FAMS (Mitsuo Iwadate, Y-H. Taguchi, Hideaki Umeyama)


28-2同上C08_144：Optimization for placement of secondary structures and multiple consensus selection for structures obtained from homology modeling method (Takahiro Miyashita, Takahiro Miyashita, Hideaki Umeyama, Mitsuo Iwadate)


27第39回構造活性相関シンポジウム (2011年11月28〜29日) [東京理科大学薬学部講義棟(千葉)]KA05：立体構造の類似性指標とGPCR立体構造データベースの構築 (○岩舘満雄、松岡美里、荒井まみ、加納和彦、梅山秀明)


26Bioorg. Med. Chem. (19(22), 6892〜6905 (2011))A new method for induced fit docking (genius) and its application to virtual screening of novel HCV NS3-4A protease inhibitors (Daisuke Takaya, Atsuya Yamashita, Kazue Kamijo, Junko Gomi, Masahiko Ito, Shinya Maekawa, Nobuyuki Enomoto, Naoya Sakamoto, Yoshiaki Watanabe, Ryoichi Arai, Hideaki Umeyama, Teruki Honma, Takehisa Matsumoto, Shigeyuki Yokoyama)


25-1CASP9 Abstract Book: 9th Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (pp49-51, 5-9 December 2010, Pacific Grove, CA, USA)chuo-fams: Construction of the Function for Protein Structure Prediction and the Homology Modeling System (Mami Arai, Kazuhiko Kanou, Genki Terashi, Hideaki Umeyama, Mitsuo Iwadate)


25-2ibid. (pp54)Circle: Template based modeling server with Model Quality Assessment Program circle (Genki Terashi, Kazuhiko Kanou, Makoto Oosawa, Yuuki Nakamura, Hideaki Umeyama, Mayuko Takeda-Shitaka


25-3ibid. (pp76-77)FAMS-ACE3: Structure evaluation program using consensus method and circle QA program (Genki Terashi, Kazuhiko Kanou, Makoto Oosawa, Yuuki Nakamura, Hideaki Umeyama, Mayuko Takeda-Shitaka


25-4ibid. (pp78-80)FAMSD: Individual comparative modeling server using FAMS-MULTI, CIRCLE and SPLICER (Kazuhiko Kanou, Genki Terashi, Yuuki Nakamura, Makoto Oosawa, Hideaki Umeyama, Mayuko Takeda-Shitaka


25-5ibid. (pp81-83)FAMSD-MULTI: FAMSD-MULTI:An automated homology modeling based upon multiple reference proteins using better pairwise alignments (Kazuhiko Kanou, Genki Terashi, Yuuki Nakamura, Makoto Oosawa, Hideaki Umeyama, Mayuko Takeda-Shitaka


25-6ibid. (pp84-85)FAMSSEC: Model selection method based on the side chain environment consensus score (Hideaki Umeyama, Katsuichiro Komatsu, Kazuhiko Kanou, Genki Terashi, Mayuko Takeda-Shitaka


25-7ibid. (pp86-87)FAMSSEC: FAMS modeling of complex proteins and prediction of ligand binding sites by integrated-FAMSD (Hideaki Umeyama, Katsuichiro Komatsu, Kazuhiko Kanou, Genki Terashi, Mitsuo Iwadate, Mayuko Takeda-Shitaka


25-8ibid. (pp241-244)Splicer/Splicer_QA: SPLICER: An autonomous model quality assessment method using non-linear/linear combinations of some potential energies containing statistical potential, physics-based potential and residue-residue distance potential (Yuuki Nakamura, Kazuhiko Kanou, Genki Terashi, Makoto Oosawa, Hideaki Umeyama, Mayuko Takeda-Shitaka


24-1第38回構造活性相関シンポジウム (2010年10月30〜31日) [徳島大学工学部共通講義棟(徳島)]KF01：複合体タンパク質モデリングと生物情報学的リガンドドッキングの統合：Integrated-FAMS (○梅山秀明)


24-2同上KP25：誘導適合を考慮したバーチャルスクリーニングによる新規 HCV NS3-4A プロテアーゼ阻害剤の探索 (○高谷大輔、上條加寿恵、山下篤哉、前川伸哉、雨宮史武、坂本直哉、脇田隆字、榎本信幸、伊藤正彦、本間光貴、梅山秀明、松本武久、松本武久、横山茂之)


24-3同上KP28：タンパク質構造予測のための関数とホモロジーモデリングシステムの構築 (○荒井まみ、加納和彦、寺師玄記、梅山秀明、岩舘満雄)


23"Introduction to Protein Structure Prediction: Methods and Algorithms", Edited by Huzefa Rangwala and George Karypis, CHAPTER 14, pp299-321, Jone Wiley & Sons, Inc. (2010) ISBN 978-0-470-47059-6Model Quality Assessment Using a Statistical Program that Adopts a Side Chain Environment Viewpoint (Genki Terashi, Mayuko Takeda-Shitaka, Kazuhiko Kanou, Hideaki Umeyama)


22Chem. Pharm. Bull. (58(2), 180〜190 (2010))New Protein Structure Model Evaluation Methods That Include a Side-Chain Consensus Score for the Protein Modeling (Kazuhiko Kanou, Tomoko Hirata, Genki Terashi, Hideaki Umeyama, Mayuko Takeda-Shitaka)


21Chem. Pharm. Bull. (58(1), 66〜75 (2010))HUMAN FAMSD-BASE: High Quality Protein Structure Model Database for the Human Genome Using the FAMSD Homology Modeling Method (Kazuhiko Kanou, Tomoko Hirata, Mitsuo Iwadate, Genki Terashi, Hideaki Umeyama, Mayuko Takeda-Shitaka)


20Chem. Pharm. Bull. (58(1), 1〜10 (2010))Method for Predicting Homology Modeling Accuracy from Amino Acid Sequence Alignment: the Power Function (Mitsuo Iwadate, Kazuhiko Kanou, Genki Terashi, Hideaki Umeyama, Mayuko Takeda-Shitaka)


19Chem. Pharm. Bull. (57(12), 1335〜1342 (2009))FAMSD: The combination of alignment methods, homology modeling, 3D structure estimation and molecular dynamics to develop a powerful protein modeling approach (Kazuhiko Kanou, Mitsuo Iwadate, Tomoko Hirata, Genki Terashi, Hideaki Umeyama, Mayuko Takeda-Shitaka)


18-1第37回構造活性相関シンポジウム (2009年11月12〜13日) [北里大学薬学部]KO-01：新型インフルエンザウィルス(N1H1)のモデリングデータベースの開発 (○寺師玄記、加納和彦、竹田-志鷹真由子、中村裕樹、岩舘満雄、高谷大輔、松本武久、梅山秀明)


18-2同上KO-18 & KP-32：GPCR structure modelling and ligand docking: GPCRDock2008 (○加納和彦、高谷大輔、寺師玄記、竹田ー志鷹真由子、梅山秀明) 【スライド】


17Chem. Pharm. Bull. (57(11), 1193〜1199 (2009))Dynamic Influence of the Two Membrane-Proximal Immunoglobulin-Like Domains upon the Peptide-Binding Platform Domain in Class I and Class II Major Histocompatibility Complexes: Normal Mode Analysis (Hiroyuki Nojima, Kazuhiko Kanou, Kenshu Kamiya, Koichiro Atsuda, Hideaki Umeyama, Mayuko Takeda-Shitaka)


16-1トランスレーショナルリサーチを支援する遺伝子医学ＭＯＯＫ14号 次世代創薬テクノロジー 実践：インシリコ創薬の最前線 【編集】竹田ー志鷹真由子(北里大学薬学部准教授)、梅山秀明(北里大学薬学部教授) 株式会社メディカルドゥ ISSN 1349-2527序文 (竹田ー志鷹真由子・梅山秀明)


16-2同上第一章 インシリコ創薬に向けた次世代創薬基盤技術 ３.タンパク質立体構造予測 1) Template Based Modeling (竹田ー志鷹真由子・寺師玄記・加納和彦・梅山秀明)


16-3同上第一章 インシリコ創薬に向けた次世代創薬基盤技術 ３.タンパク質複合体の立体構造予測 (竹田ー志鷹真由子・寺師玄記・加納和彦・梅山秀明)


16-4同上第一章 インシリコ創薬に向けた次世代創薬基盤技術 ９.高精度なタンパク質ーリガンド相互作用解析  4) 相互作用ライブラリーに基づく集約評価関数を用いたタンパク質ーリガンドドッキング (高谷大輔・竹田ー志鷹真由子・梅山秀明)


15日本ヒトプロテオーム機構(JHUPO)第7回大会 基礎研究からさまざまな応用研究へ飛躍する最先端プロテオミクス 〜医学・薬学・農学への応用〜 (2009年7月27〜28日) [北里大学・薬学部]S7-6：タンパク質立体構造のホモロジーモデリング研究と将来への展望 (○梅山秀明、加納和彦、寺師玄記、竹田−志鷹真由子)


1434th FEBS Congress (4-9 July 2009) [Prague, Czech Republic]P2-138：Protein modeling program, fams-ace2 in CASP8, using the local consensus and 3D-1D quality assessment (Hideaki Umeyama, Genki Terashi, Hiroko Sakai, Kkazuhiko Kanou, Tomoko Hirata, Mayuko Takeda-Shitaka)


13Nature Reviews Drug Discovery (8(6), 455〜463 (2009)) [Kazuhiko Kanou, Daisuke Takaya, Genki Terashi, Mayuko Takeda-Shitaka, Hideaki Umeyama as GPCR Dock 2008 participants]Community-wide assessment of GPCR structure modelling and ligand docking: GPCR Dock 2008 (Mayako Michino, Enrique Abola, GPCR Dock 2008 participants, Charles L. Brooks III, J. Scott Dixon, John Moult, Raymond C. Stevens)


12講演会 ホモロジーモデリング(ナノ生命設計)と創薬 (2009年6月18日) [北里大学・薬学部]タンパク質立体構造のホモロジーモデリング研究 ーナノ生命設計ー (梅山秀明)


11ファルマシア (45(4), 382 (2009))薬学会賞受賞 梅山秀明氏の業績 (竹田−志鷹真由子)


10第３回日本ゲノム微生物学会年会 (2009年3月5〜7日) [中央大学理工学部・後楽園キャンパス]7401：Structure evaluation using the consensus and quality assessment for protein modeling (寺師玄記、酒井博子、加納和彦、平田朋子、竹田−志鷹麻由子、岩舘満雄、○梅山秀明)


9-1第36回構造活性相関シンポジウム (2008年11月3〜4日) [神戸国際会議場]K202：Development of bioinformatics based ligand-docking and in-silico screening (○高谷大輔、寺師玄記、加納和彦、竹田-志鷹真由子、梅山秀明)


9-2同上KP229：Fams-ace2:Structure evaluation program using the combination of local consensus method and circle quality assessment method (○寺師玄記、酒井博子、加納和彦、平田朋子、竹田-志鷹真由子、梅山秀明)


9-3同上KP230：CIRCLE:Development of 3D Protein Model Quality Assessment program using secondary structure prediction method and side-chain environment (○寺師玄記、酒井博子、加納和彦、平田朋子、竹田-志鷹真由子、梅山秀明)


9-4同上KP231：FAMS_multi:Automated homology modeling based upon multiple reference proteins using better pairwise alignments in CASP8 (○加納和彦、平田朋子、寺師玄記、酒井博子、竹田-志鷹真由子、梅山秀明)


9-5同上KP232：FAMSD:Individual Comparative Modeling server using SP3, FAMS and CIRCLE (○加納和彦、平田朋子、寺師玄記、酒井博子、竹田-志鷹真由子、梅山秀明)


9-6同上KP233：FAMSD_QA:Model quality assessment using the side chain environment consensus score (○加納和彦、平田朋子、寺師玄記、酒井博子、竹田-志鷹真由子、梅山秀明)


８The International Conference on Theory and Application of Computational Chemistry 2008 (23-27 September 2008) [Shanhai, China]A New Docking And Screening Method Using A New Operator Based Upon Bioinformatics (○Hideaki Umeyama, Daisuke Takaya, Mayuko Takeda-Shitaka, Genki Terashi, Kazuhiko Kanou)


７ラン藻ゲノム研究交流会 (2008年7月4日) [東京大学・駒場キャンパス]毎日更新する公衆衛生のための新型インフルエンザ(H1N1)モデリングデータベース (○加納和彦、寺師玄記、梅山秀明)


６Chem Pharm Bull (Tokyo)., 56(5), 742-744 (2008)Bioinformatics Based Ligand-Docking and in-Silico Screening (Daisuke Takaya, Mayuko Takeda-Shitaka, Genki Terashi, Kazuhiko Kanou, Mitsuo Iwadate, Hideaki Umeyama)


5-1BMB2007 (第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会 合同大会) (2007年12月11〜15日) [パシフィコ横浜、ヨコハマグランドインターコンチネンタルホテル]2P-0981：ArntとArnt2の異物および低酸素応答における転写活性化能の重複性と特異性 (○関根弘樹、三村純正、加納和彦、竹田-志鷹真由子、梅山秀明、山本雅之、藤井義明)


5-2同上4P-0277 (4T7-3)：タンパク質モデリングと生物分子設計 (○岩舘満雄、加納和彦、寺師玄記、高谷大輔、竹田-志鷹真由子、梅山秀明)


5-3同上4P-0278：エイコサノイドとグルタチオンの代謝に関係する一群の３量体膜タンパク質の網羅的モデリング (○加納和彦、竹田-志鷹真由子、岩舘満雄、寺師玄記、高谷大輔、酒井博子、梅山秀明)


5-4同上4P-1120：SARSコロナウイルス (SARS-CoV) 3CL-Proタンパク質の立体構造に基づく抗ウイルス感染症薬候補化合物の検索 (○松本武久、上條加寿恵、山本典生、高谷大輔、佐藤万仁、大貫裕之、倉根一郎、西條政幸、竹田-志鷹真由子、廣田洋、梅山秀明、森川茂、山本直樹、横山茂之)


4-1The 7th International Workshop on Advanced Genomics (第7回国際ゲノム会議「見えてきた新たなる地平」) (2007年11月27〜28日) [東京国際フォーラム]P-36：Automated homology modeling using multipule reference proteins:FAMS-multi (○Kazuhiko Kanou, Mitsuo Iwadate, Genki Terashi, Mayuko Takeda-Shitaka, Daisuke Takaya, Hiroko Sakai, Hideaki Umeyama)


4-2ibid.P-37：fams_ace:Model selection from server results using original threading (3D1D) program and consensus (○Mitsuo Iwadate, Kazuhiko Kanou, Genki Terashi, Daisuke Takaya, Kazuhiro Ohta, Akio Hosoi, Mayuko Takeda-Shitaka, Hideaki Umeyama)


4-3ibid.P-38：CIRCLE:Model quality assessment program using the 3D1D scoring functions (○Genki Terashi, Mayuko Takeda-Shitaka, Kazuhiko Kanou, Mitsuo Iwadate, Daisuke Takaya, Hideaki Umeyama)


4-4ibid.P-47：Protein Structure Prediction using SKE-CHIMERA in CASP7 (○Hiroko Sakai, Mayuko Takeda-Shitaka, Genki Terashi, Kazuhiko Kanou, Daisuke Takaya, Kazuhiro Ohta, Akio Hosoi, Mitsuo Iwadate, Hideaki Umeyama)


3-1第35回構造活性相関シンポジウム (2007年11月15〜16日) [京都大学 百周年時計台記念館]K09：fams-ace:CASP7におけるタンパク質立体構造の再構築と、最適構造の評価法の開発 (○竹田-志鷹真由子、寺師玄記、加納和彦、岩舘満雄、高谷大輔、酒井博子、梅山秀明)


3-2同上KP21：FAMSmulti:複数の鋳型タンパク質を用いた全自動ホモロジーモデリング (○加納和彦、岩舘満雄、寺師玄記、竹田-志鷹真由子、高谷大輔、酒井博子、梅山秀明)


3-3同上KP22：SKE-DOCK:相補性を考慮したドッキングと最適構造評価法による、タンパク質複合体立体構造予測法の開発 (○寺師玄記、竹田-志鷹真由子、加納和彦、岩舘満雄、高谷大輔、酒井博子、梅山秀明)


3-4同上KP23：fams-ace:CASP7におけるタンパク質立体構造の再構築と、最適構造の評価法の開発 (○竹田-志鷹真由子、寺師玄記、加納和彦、岩舘満雄、高谷大輔、酒井博子、梅山秀明)


3-5同上KP24：エイコサノイドとグルタチオンの代謝に関係する一群の３量体膜タンパク質の網羅的モデリング:MAPEG superfamily complex modeling (○加納和彦、竹田-志鷹真由子、岩舘満雄、寺師玄記、高谷大輔、酒井博子、梅山秀明)


２蛋白質 核酸 酵素 (52(10), 1082〜1087, (2007))抗SARS薬開発におけるウイルス蛋白質の立体構造予測 (竹田-志鷹真由子、梅山秀明)


１生体の化学 タンパク質間相互作用特集号 (58(5), 338〜341 (2007))計算科学によるタンパク質間相互作用解析 (竹田-志鷹真由子、寺師玄記、梅山秀明)