タンパク質構造受託解析サービス

インシリコサイエンス社では、タンパク質のアミノ酸配列からその立体構造を予測する受託サービスの提供を有償で行っております。 本サービスでは複数鎖のタンパク質でもご指定のリガンドが結合した状態でのタンパク質でも構造予測を行うことも可能です。

モデリングの技術について

Heterocapsa circularisquama RNA virus (HcRNAV)の代表種であるHcRNAV34とHcRNAV109のモデリングを受託して、各種アライメントソフトウエアを駆使してblack beetle Virus (Nodaviridae)を探し出し、2BBVを鋳型(ホモロジー約10%)にした立体構造モデル(321残基)を構築しました。そのモデルが次の論文の中で引用、議論されています。
Nagasaki K, Shirai Y, Takano Y, Mizumoto H, Nishida K, Tomaru Y, Appl. Environ. Microbiol., 71, 8888-8894 (2005)

Aspartate/Alanine Antiporter (AspT)の疏水大ループのモデリング。8酒類のアライメントソフトを駆使し、低ホモロジーにもかかわらずモデルの信頼精度が高いアライメントを利用してDomain 1 (参照タンパク質1LNQとのホモロジー15.7%、E-value 4E-23)、Domain 2 (参照タンパク質1VCTとのホモロジー10.2%、E-value 1E-32)を構築しました。
K Nanatani, T Fujiki, K Kanou, M Takeda-Shitaka, H Umeyama, L Ye, X Wang, T Nakajima, T Uchida, P C Maloney, K Abe, J Bacteriol., 189, 7089-7097 (2007)

北里大学薬学部梅山研究室のCASP5、CASP6、CASP7での好成績でもわかりますように、ホモロジーが10%程度のタンパク質でも立体構造予測が可能な場合があります。構造未知タンパク質のモデリングにご関心があります方は、お問い合わせフォームから一度弊社にお問い合わせください。

ご利用方法

  1. こちらのフォームから必要事項(氏名・連絡先・ご自身の所属(団体名、所属部署名、役職等)・電子メール・電話番号・解析データの受け取り方法)を全て記入の上お申し込みください。価格等につきまして折り返しご連絡差し上げます。
  2. 構造予測を依頼したいアミノ酸配列のファイルおよび(必要であれば)リガンドデータの入ったファイルを指定し、「Submit」をクリックしてください。指定したアミノ酸配列はPGP暗号化され弊社まで送信されますので、データ漏洩の心配はございません。
  3. 弊社にてデータ確認後、詳細(価格の見積もり)をメールにてご連絡いたします。依頼されたアミノ酸配列に対するモデリング難易度と、モデリングにかかる費用を記載いたしますので、内容をご確認の上、サービスのご利用をご検討ください。(価格の見積もりは無料です。)
価格
受託サービス価格:8万円〜
作業想定時間に応じてお見積もりをいたします。

御質問、お問い合わせはお問い合わせフォームからお願いします。


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