RANKING of ligands in PDB fitting to SARS proteinase modelPDB(Protein Data Bank)に登録されているタンパク質構造データに含まれるリガンド情報のうち、SARSプロテアーゼのリガンドとして適すると推定されるものを調査し、ランキング付けいたしました。
補足
リガンド情報を取得した基となる各構造データはProtein Data Bankのキーワードサーチ欄にPDB IDを入力し、検索を行うことにより取得可能です。
PDBデータを閲覧する為のRasmolのダウンロード方法はこちらをご覧ください。
RANK PDB ID containing ligands 1 1p9u_1 2 1b9j 3 1bfz 4 1o9s 5 1epp 6 1mcc 7 1gbm 8 2lpr 9 1jev 10 1m21 11 1b3f 12 1obh 13 1cqq 14 334d 15 1mcs 16 2srt 17 1b58 18 1esz 19 1qin 20 1kuk 21 1b7h 22 1i5g 23 1a85 24 1njn 25 1olc 26 1mcj 27 1b48 28 1umt 29 4apr 30 1h23 31 1kne 32 1o0r 33 1ad8 34 1cnw 35 1jx2 36 1fvv 37 1vwa 38 1p9u_2 39 1eat 40 1bc5 41 1a7c 42 1kyd 43 1hte 44 1b32 45 1b3g 46 1b05 47 1h0g 48 1p04 49 1b4z 50 11ba The 1p9u_1 ligand structure of rank 1 complexed with SARS proteinase was shown in the figure of P-conformation 1. The 1p9u_2 ligand structure of rank 38 complexed with SARS proteinase was shown in the figure of P-conformation 2.