インシリコサイエンス社では、PDFAMSシリーズの技術を生かし、SCOPドメイン単位でのモデリングを行いデータベース化いたしました。
それに伴いまして、このデータベースを利用し、複数のペプチド断片からタンパク質構造を検索するサービスの提供を開始いたしました。また、単一のペプチド配列からそのペプチド自体の構造を検索することも可能です。さらに、オプションとして弊社から提供した構造データに対しアミノ酸置換を行ったものに対する構造予測を行うサービスも行っております。
いずれも有償サービスとなっておりますが、2003年9月末までお試し期間といたしまして1人1回まで無償にて承ります（検索サービス、アミノ酸置換構造予測共に1回ずつ）。
使用例
- 質量分析等により得られた複数のペプチド配列からそれらのペプチドを含有するタンパク質構造を検索
- あるペプチド配列から、そのペプチド自体の構造を検索
- 検索された構造について、アミノ酸置換を行ったタンパク質の構造予測
ご利用方法
配列ファイルのフォーマット例
- こちらのフォームから必要事項（氏名・連絡先・ご自身の所属（団体名、所属部署名、役職等）・電子メール・電話番号・解析データの受け取り方法）を全て記入の上お申し込みください。
- 単一ペプチドの構造検索もしくは複数ペプチドからのタンパク質構造検索のいずれかにチェックを入れ、ペプチド配列をFASTA形式でボックス内に記載してください（記述方法は後述する配列ファイルのフォーマット例をご参照ください。各配列は必ず6残基以上25残基以下の長さのものをご指定ください。）を指定し、「Submit」をクリックしてください。指定したペプチド配列はPGP暗号化され弊社まで送信されますので、データ漏洩の心配はございません。
- 弊社にてデータ確認後、詳細をメールにてご連絡いたします。(状況により少々お時間をいただく場合がございます、ご了承ください。)
- 詳細メール送付後、検索された結果のPDBデータファイル、シーケンスファイルをご希望の形式（メールもしくはCD-ROM）にて送付いたします。
- 弊社より送付されたモデルデータのアミノ酸配列の一部を置換させたタンパク質の構造をご希望の方はこちらのフォームよりモデル識別番号（例．XXXX_N:検索サービス時に送付したPDBファイルの名称から拡張子を取ったもの）を記載、置換を行った後のアミノ酸配列を保存したファイル（検索サービス時に送付したシーケンスファイル（例：XXXX_N.tfa）に変更を加えたもの。FASTA形式）を指定し、必要事項を全て記載の上お申し込みください。
価格
- 単一ペプチドの場合
>test1
NYPFATIEPN
- 複数ペプチドからのタンパク質構造検索の場合
>test1
NYPFATIEPN
>test2
PNGVGKSTL
>test3
LANIREV
>test4
TFRFVDIAG補足
アミノ酸表記は20個の天然アミノ酸の１文字表記以外にB(=DまたはN), Z(=EまたはQ)、X(不明)も使用可能です。
応相談
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